ChIPpeakAnno

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPpeakAnno

对从ChIP-seq、ChIP-chip实验或任何实验中鉴定的峰进行批量注释，得到大量的染色体范围

Bioconductor版本:Release (3.6)

该软件包包括检索峰值周围的序列，获得丰富的基因本体(GO)术语，找到最近的基因，外显子，miRNA或自定义特征，如最保守的元件和用户提供的其他转录因子结合位点。从2.0.5开始，添加了新的功能，用于查找具有汇总统计信息的双向启动子的峰(peaksNearBDP)，用于汇总峰中motif的出现情况(summarizePatternInPeaks)，以及向注释的峰或富集的go添加其他id (addGeneIDs)。该软件包利用了biomaRt、IRanges、Biostrings、BSgenome、GO.db、multtest和stat软件包。

作者:朱丽华、朱莉、欧建宏、于军、Herve Pages、Claude Gazin、Nathan Lawson、Ryan Thompson、Simon Lin、David Lapointe、Michael Green

维护者:朱丽华朱莉<朱莉。朱先生在umassmed.edu>，欧建红< Ou。建宏在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("ChIPpeakAnno")

文档

超文本标记语言	R脚本	ChIPpeakAnno注释管道
超文本标记语言	R脚本	ChIPpeakAnno常见问题
超文本标记语言	R脚本	ChIPpeakAnno快速入门
超文本标记语言	R脚本	ChIPpeakAnno装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，ChIPSeq，ChIPchip，软件
版本	3.12.7
在Bioconductor中	BioC 2.5 (R-2.10)(8.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.2)， methods, grid，IRanges(> = 2.11.16),Biostrings，GenomicRanges(> = 1.29.14),S4Vectors(> = 0.9.25),维恩图
进口	BiocGenerics(> = 0.1.0),GO.db，biomaRt，BSgenome，GenomicFeatures，GenomeInfoDb，matrixStats，AnnotationDbi，limma，乘，RBGL，图，BiocInstaller统计数据,地区，DBI，ensembldb，Biobase，seqinr，印尼盾，GenomicAlignments，DelayedArray，SummarizedExperiment，Rsamtools
链接
建议	reactome.db，BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，org.Ce.eg.db，org.Hs.eg.db，BSgenome.Celegans.UCSC.ce10，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7，EnsDb.Hsapiens.v75，EnsDb.Hsapiens.v79，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，gplots，BiocStyle，rtracklayer，knitr，rmarkdown，testthat，trackViewer，motifStack，OrganismDbi
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我	REDseq，火神
进口我	ATACseqQC，DChIPRep，FunciSNP，GUIDEseq，REDseq
建议我	oneChannelGUI，R3CPET，RIPSeeker
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	ChIPpeakAnno_3.12.7.tar.gz
Windows二进制	ChIPpeakAnno_3.12.7.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ChIPpeakAnno_3.12.7.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ChIPpeakAnno
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChIPpeakAnno/
软件包下载报告	下载数据
bioc3.6的旧源包	源存档