CoRegNet

DOI:10.18129 / B9.bioc.CoRegNet

CoRegNet:共同调控网络的重建和综合分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

这个包提供了方法来识别活跃的转录程序。提供了从转录组学数据导入或推断大规模共调控网络的方法和类。编码网络的特异性是模拟转录因子的合作。可以整合外部监管证据(TFBS, ChIP，…)来评估推断的网络，并在必要时对其进行完善。网络中调节因子的转录活性可以通过测量它们在给定样本中的影响来估计。最后，交互式用户界面可用于浏览合作监管机构网络，并可视化其在特定样本或子组样本中的活动。该可视化工具可用于整合基因表达、转录活性、拷贝数状态、样本分类和包含共调控信息的转录网络。

作者:Remy Nicolle, Thibault Venzac和Mohamed Elati

维护者:Remy Nicolle < Remy .c。Nicolle在gmail.com>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("CoRegNet")

文档

超文本标记语言	R脚本	自定义打印方法
PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneExpression，GeneRegulation，GraphAndNetwork，网络，NetworkEnrichment，NetworkInference，软件，SystemsBiology，转录，可视化
版本	1.16.0
在Bioconductor中	BioC 3.0 (R-3.1)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 2.14)，igraph，闪亮的，arules、方法
进口
链接
建议	RColorBrewer，gplots，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
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这取决于我
进口我
建议我
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包档案

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源包	CoRegNet_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	CoRegNet_1.16.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CoRegNet_1.16.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/CoRegNet
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CoRegNet/
软件包下载报告	下载数据