deseq2

doi：10.18129/b9.bioc.deseq2

基于负二项式分布的差异基因表达分析

生物导体版本：版本（3.6）

估计来自高通量测序测定法的计数数据的依赖性依赖性，并基于模型使用负二项式分布测试差异表达。

作者：迈克尔·洛夫，西蒙·安德斯，沃尔夫冈·胡伯

维护者：迈克尔·洛夫（Michael Love）

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文档

html	R脚本	用DESEQ2分析RNA-Seq数据
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文本		消息

细节

生物浏览	chipseq，，，，差异性，，，，基因表达，，，，rnaseq，，，，智者，，，，测序，，，，软件，，，，转录
版本	1.18.1
在生物导体中	Bioc 2.12（R-3.0）（5年）
执照	LGPL（> = 3）
要看	S4VECTORS（> = 0.9.25），iranges，，，，基因组机，，，，总结性特征（> = 1.1.6）
进口	生物基因（> = 0.7.5），生物酶，，，，生物比较，，，，GeneFilter， 方法，Locfit，，，，Geneplotter，，，，GGPLOT2，，，，HMISC，，，，RCPP（> = 0.11.0）
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo
建议	测试，，，，尼特，，，，生物使用，，，，VSN，，，，pheatmap，，，，rcolorbrewer，，，，ihw，，，，apeglm，，，，阿什，，，，tximport，，，，tximportdata，，，，readr，，，，pbapply，，，，呼吸道，，，，帕西拉（> = 0.2.10）
系统要求
增强
URL	https://github.com/mikelove/deseq2
取决于我	dchiprep，，，，dexseq，，，，Fourcseq，，，，mlseq，，，，RGSEPD，，，，TCC，，，，XBSEQ
进口我	阿纳米尔，，，，阿纳金，，，，anota2seq，，，，Coseq，，，，达米尔塞克，，，，碎片器，，，，变形，，，，DegReport，，，，Desubs，，，，差异，，，，EEGC，，，，富集兄弟，，，，Fourcseq，，，，Genogam，，，，htsfilter，，，，理想的，，，，ihwpaper，，，，冲动2，，，，兴趣，，，，Isomirs，，，，接口，，，，Pathostat，，，，PCAEXPLORER，，，，地区报告，，，，报告工具，，，，Snphood，，，，Systempiper，，，，topaseq
建议我	apeglm，，，，生物室，，，，生物基因，，，，生物剂，，，，compcoder，，，，达斯，，，，德芬德，，，，diffloop，，，，量规，，，，基因组签名，，，，基因组机，，，，glimma，，，，ihw，，，，JCTSEQDATA，，，，Mirmine，，，，Onechannelgui，，，，关键，，，，门索，，，，后代，，，，叙事，，，，Ruvseq，，，，斯克兰，，，，single.mtec.transcriptomes，，，，subseq，，，，tximport，，，，方差分区
构建报告

包装档案

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源包	deseq2_1.18.1.tar.gz
Windows二进制	deseq2_1.18.1.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	deseq2_1.18.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deseq2
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/deseq2/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.6的旧源软件包	来源存档