DEXSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEXSeq

RNA-Seq中外显子使用差异的推断

Bioconductor版本:Release (3.6)

该包的重点是使用不同实验设计的样品之间的RNA-seq外显子计数来寻找差异外显子的使用。它提供的功能允许用户根据一个模型进行必要的统计测试，该模型使用负二项分布来估计生物重复和广义线性模型之间的方差进行测试。该包还提供了可视化和探索结果的功能。

作者:Simon Anders 和Alejandro Reyes < Alejandro . Reyes。在gmail.com>

维护者:Alejandro Reyes < Alejandro . Reyes。在gmail.com>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“DEXSeq”)

文档

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PDF	R脚本	使用“DEXSeq”软件包分析RNA-seq数据的差异外显子使用情况
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GeneExpression，RNASeq，测序，软件，可视化
版本	1.24.4
在Bioconductor中	BioC 2.9 (R-2.14)(6.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	BiocParallel，Biobase，SummarizedExperiment，IRanges(> = 2.5.17),GenomicRanges(> = 1.23.7),DESeq2(> = 1.9.11),AnnotationDbi，RColorBrewer，S4Vectors
进口	BiocGenerics，biomaRt，hwriter、方法、stringr，Rsamtools，statmod，geneplotter，genefilter
链接
建议	GenomicFeatures(> = 1.13.29),pasilla(> = 0.2.22),parathyroidSE，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我	感兴趣
建议我	GenomicRanges，JctSeqData，oneChannelGUI，pasilla，经验丰富的人，subSeq
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	DEXSeq_1.24.4.tar.gz
Windows二进制	DEXSeq_1.24.4.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DEXSeq_1.24.4.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/DEXSeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEXSeq/
软件包下载报告	下载数据
bioc3.6的旧源包	源存档