DEsubs

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEsubs

图:一个R包，用于通过RNA-seq表达实验灵活地识别差异表达的亚通路

Bioconductor版本:Release (3.6)

DEsubs是一个基于网络的系统生物学包，可以提取由RNA-seq实验记录的通路网络中的疾病干扰子通路。它包含了一个广泛的、可定制的框架，涵盖了子通路分析所有阶段的广泛操作模式，实现了具体案例的方法。操作模式包括通路网络的构建和处理、子通路的提取、可视化和富集分析等，涉及到各种生物学和药理学特征。它的功能使其成为建模者和实验家的工具指南，用于识别复杂疾病的更强大的系统级生物标志物。

作者:Aristidis G. Vrahatis和Panos Balomenos

维护者:Aristidis G. Vrahatis ， Panos Balomenos < Balomenos at upatras. grb>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("DEsubs")

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“DEsubs”)

PDF	R脚本	DEsubs
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GraphAndNetwork，KEGG，网络，NetworkEnrichment，归一化，通路，RNASeq，软件，SystemsBiology
版本	1.4.0
在Bioconductor中	BioC 3.4 (R-3.3)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.3)，locfit
进口	图，igraph，RBGL，circlize，limma，刨边机，samr，EBSeq，NBPSeq，DESeq，统计，grDevices，图形，pheatmap跑龙套,ggplot2，矩阵，jsonlite、工具、DESeq2、方法
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	DEsubs_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	DEsubs_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DEsubs_1.4.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/DEsubs
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEsubs/
软件包下载报告	下载数据