DMRcate

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRcate

甲基化阵列和测序空间分析方法

Bioconductor版本:Release (3.6)

利用全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)和Illumina无限阵列(450K和EPIC)数据从人类基因组中从头识别和提取差异甲基化区域(DMRs)。提供过滤可能被snp和交叉杂交混淆的探针的功能。包括GRanges生成和绘图功能。

作者:Tim Peters

维护者:Tim Peters

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("DMRcate")

文档

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browseVignettes(“DMRcate”)

PDF	R脚本	DMRcate包的用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，GeneExpression，遗传学，GenomeAnnotation，MethylationArray，微阵列，MultipleComparison，OneChannel，质量控制，软件，TimeCourse，TwoChannel
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(4年)
许可证	文件许可
取决于	R (> = 3.3.0),minfi，DSS，DMRcatedata
进口	limma，missMethyl，GenomicRanges并行，方法，图形，plyr，Gviz，IRanges,统计,跑龙套,S4Vectors
链接
建议	knitr，RUnit，BiocGenerics，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	冠军
进口我	餐
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	DMRcate_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	DMRcate_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DMRcate_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRcate
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DMRcate/
包下载报告	下载数据