enmix
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Illumina人甲基化的数据预处理和质量控制450和甲基化beadchip
生物导体版本：版本（3.6）
Enmix软件包为Illumina Human-Methylation 450和甲基化epepic Beadchips提供了一组质量控制和数据预处理工具。它包括Enmix背景校正，遗物染料偏置校正，RCP探针类型偏置调整以及许多其他工具。这些功能可用于消除不必要的实验噪声，从而提高甲基化度量的准确性和可重复性。Enmix功能是灵活的和透明的。用户可以选择单个管道命令来完成所有数据预处理步骤（包括背景校正，染料偏置调整，阵列间归一化和探测型偏差校正）或顺序使用单个功能来执行数据预处理以更自定义的方式。此外，Enmix软件包具有可选的互补功能，以进行有效的数据可视化（例如数据分布图）；质量控制（识别和过滤低质量的数据点，样本，探针和离群值，以及缺失值的归类）；由于SNP或其他因素，鉴定具有多模式分布的探针；使用主组件回归分析图探索数据方差结构； preparation of experimental factors related surrogate control variables to be adjusted in downstream statistical analysis; and an efficient algorithm oxBS-MLE to estimate 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine level.
作者：Zongli Xu [Cre，Aut]，Liang Niu [aut]，Leping Li [CTB]，Jack Taylor [CTB]
维护者：zongli xu
引用（从r内，输入引用（“ enmix”））：
安装
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文档
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| R脚本 | Enmix用户指南 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 批处理效应，，，，DNAMETHYLATY，，，，DataImport，，，，差甲基化，，，，表观遗传学，，，，甲基化array，，，，微阵列，，，，多通道，，，，正常化，，，，Onechannel，，，，预处理，，，，委托人，，，，QualityControl，，，，回归，，，，软件，，，，两通道 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.1（R-3.2）（3年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | 平行，多帕尔，，，，foreach，，，，总结性特征（> = 1.1.6），Minfi（> = 1.22.0） |
| 进口 | 大量的，，，，预处理，，，，西瓜，，，，SVA，，，，Geneplotter，，，，算，grdevices，图形，统计 |
| 链接 | |
| 建议 | Minfidata（> = 0.4.1），rpmm，，，，运行，，，，生物基因 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | enmix_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | enmix_1.14.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | enmix_1.14.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enmix |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/enmix/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
