GenomicAlignments

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicAlignments

基因组短序列的表达和操作

Bioconductor版本:Release (3.6)

为存储和操作短基因组对齐提供有效的容器(通常通过将短读取对齐到参考基因组获得)。这包括读取计数、计算覆盖率、结检测和处理比对的核苷酸含量。

作者:Hervé Pagès, Valerie Obenchain, Martin Morgan

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

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##尝试http:// if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite(" genome icalignments ")

文档

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browseVignettes(“GenomicAlignments”)

PDF	R脚本	基因组校准包的介绍
PDF	R脚本	计数读取与summarizeOverlaps
PDF	R脚本	重叠编码
PDF	R脚本	研究排列的核苷酸
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		从BAM文件读取—第1部分
视频		从BAM文件读取—第2部分

细节

biocViews	对齐，报道，DataImport，遗传学，基础设施，RNASeq，单核苷酸多态性，测序，软件
版本	1.14.2
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10)，方法，BiocGenerics(> = 0.15.3),S4Vectors(> = 0.13.13),IRanges(> = 2.11.16),GenomeInfoDb(> = 1.13.1),GenomicRanges(> = 1.29.14),SummarizedExperiment(> = 1.5.3)更正,Biostrings(> = 2.37.1),Rsamtools(> = 1.21.4)
进口	方法,跑龙套,统计数据,BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，Biostrings，Rsamtools，BiocParallel
链接	S4Vectors，IRanges
建议	ShortRead，rtracklayer，BSgenome，GenomicFeatures，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，pasillaBamSubset，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，DESeq2，刨边机，RUnit，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	AllelicImbalance，Basic4Cseq，BasicSTARRseq，嵌合体，ChIPexoQual，exomePeak，GoogleGenomics，groHMM，吉他，HelloRanges，hiReadsProcessor，prebs，收回，RIPSeeker，rnaSeqMap，ShortRead，SplicingGraphs
进口我	高山，AneuFinder，ASpli，ATACseqQC，BaalChIP，biovizBase，chimeraviz，ChIPpeakAnno，ChIPQC，chromstaR，cn，contiBAIT，文案，CoverageView，CrispRVariants，customProDB，derfinder，DiffBind，easyRNASeq，FourCSeq，FunChIP，gcapc，GenoGAM，genomation，GenomicFiles，ggbio，gmapR，GreyListChIP，GUIDEseq，Gviz，HTSeqGenie，ima，检查，感兴趣，leeBamViews，MADSEQ，metagene，methylPipe，马赛克，msgbsR，NADfinder，图片，QuasR，ramwas，Rcade，Repitools，RiboProfiling，RNAprobR，咆哮，Rqc，rtracklayer，seqplots，SGSeq，soGGi，SplicingGraphs，分裂，TarSeqQC，TCseq，trackViewer，transcriptR，TSRchitect
建议我	alpineData，BiocParallel，计，GenomeInfoDb，GenomicDataCommons，GenomicFeatures，GenomicRanges，IRanges，oneChannelGUI，parathyroidSE，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，RnaSeqTutorial，Rsamtools，similaRpeak，彩带
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GenomicAlignments_1.14.2.tar.gz
Windows二进制	GenomicAlignments_1.14.2.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GenomicAlignments_1.14.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicAlignments
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicAlignments/
包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档