GenomicScores

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicScores

基础设施与全基因组位置特异性评分

Bioconductor版本:Release (3.6)

在R和Bioconductor中提供存储和访问全基因组位置特异性评分的基础设施。

作者:罗伯特·卡斯特罗[aut, cre]，保罗·普伊格德瓦尔[ctb]

维护者:Robert Castelo < Robert。在upf.edu castelo >

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite(" genome icscores ")

文档

超文本标记语言	R脚本	对基因组分数包的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，遗传学，基础设施，测序，软件
版本	1.2.2
Bioconductor自	BioC 3.5 (R-3.4)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4),S4Vectors(> = 0.7.21),GenomicRanges、方法、BiocGenerics(> = 0.13.8)
进口	跑龙套,XML，Biobase，IRanges(> = 2.3.23),Biostrings，BSgenome，GenomeInfoDb，AnnotationHub
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg19，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，VariantAnnotation，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，gwascat，RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rcastelo/GenomicScores
BugReports	https://github.com/rcastelo/GenomicScores/issues
取决于我	fitCons.UCSC.hg19，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.GRCh38，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5，MafDb.gnomAD.r2.0.1.hs37d5，MafDb.gnomADex.r2.0.1.hs37d5，MafDb.TOPMed.freeze5.hg38，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg38，phastCons7way.UCSC.hg38
进口我	ATACseqQC，RareVariantVis，VariantFiltering
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GenomicScores_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	GenomicScores_1.2.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GenomicScores_1.2.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicScores
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicScores/
包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档