GreyListChIP

DOI:10.18129 / B9.bioc.GreyListChIP

灰色列表——基于芯片输入的屏蔽伪影区域

Bioconductor版本:Release (3.6)

识别输入中高信号的ChIP实验区域，在峰值调用过程中导致虚假峰值。为了更清晰的ChIP分析，在峰值调用之前删除对齐到这些区域的读取。

作者:Gord Brown

维护者:戈登布朗<戈登。布朗在cruk.cam.ac.uk >

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("GreyListChIP")

文档

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browseVignettes(“GreyListChIP”)

PDF	R脚本	从输入库生成灰列表
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细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，报道，DifferentialPeakCalling，GenomeAnnotation，预处理，测序，软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.1)，方法，GenomicRanges
进口	GenomicAlignments，BSgenome，Rsamtools，rtracklayer，质量平行,GenomeInfoDb，SummarizedExperiment统计,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，BiocGenerics，RUnit
SystemRequirements
增强了	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
URL
取决于我
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建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GreyListChIP_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	GreyListChIP_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GreyListChIP_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GreyListChIP
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GreyListChIP/
包下载报告	下载数据