HTSeqGenie

DOI:10.18129 / B9.bioc.HTSeqGenie

一个NGS分析管道。

Bioconductor版本:Release (3.6)

库执行NGS分析。

作者:Gregoire Pau, Jens Reeder

维护者:Jens Reeder < Reeder。在gene.com jens >

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("HTSeqGenie")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“HTSeqGenie”)

PDF	R脚本	HTSeqGenie
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件
版本	4.8.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (R-2.15)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.0.0),gmapR(> = 1.8.0),ShortRead(> = 1.19.13),VariantAnnotation(> = 1.8.3)
进口	BiocGenerics(> = 0.2.0),S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 1.21.39),GenomicRanges(> = 1.23.21),Rsamtools于(> = 1.8.5),Biostrings(> = 2.24.1),chipseq(> = 1.6.1),hwriter1.3.0(> =版本),开罗(> = 1.5.5),GenomicFeatures(> = 1.9.31),BiocParallel、平行、工具rtracklayer(> = 1.17.19),GenomicAlignments，VariantTools(> = 1.7.7),GenomeInfoDb，SummarizedExperiment、方法
链接
建议	TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，LungCancerLines，org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	HTSeqGenie_4.8.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HTSeqGenie
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/HTSeqGenie/
包下载报告	下载数据