Linnorm

DOI:10.18129 / B9.bioc.Linnorm

线性模型和基于正态性的变换方法(Linnorm)

Bioconductor版本:Release (3.6)

Linnorm是一个R包，用于RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq计数数据或任何大规模计数数据的分析。它将这些数据集转换为参数测试。除了转换函数(Linnorm)，还实现了以下管道:库大小/批处理效果归一化(Linnorm.Norm)， 2。使用t-SNE或PCA K-means聚类或分层聚类(Linnorm。tSNE Linnorm。PCA, Linnorm.HClust)， 3。3 .使用limma进行差分表达分析或差分峰检测(Linnorm.limma)。高可变基因发现与可视化(Linnorm.HVar)， 5。基因相关网络分析与可视化(Linnorm.Cor)， 6。scRNA-seq数据的稳定基因选择 for users without or do not want to rely on spike-in genes (Linnorm.SGenes). 7. Data imputation. (under development) (Linnorm.DataImput). Linnorm can work with raw count, CPM, RPKM, FPKM and TPM. Additionally, the RnaXSim function is included for simulating RNA-seq data for the evaluation of DEG analysis methods.

作者:叶顺航，王潘文， Jean-Pierre Kocher ， Pak Chung Sham

维护者:Ken Shun Hang Yip

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“Linnorm”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Linnorm”)

PDF	R脚本	Linnorm用户手册
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BatchEffect，ChIPSeq，聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，遗传学，网络，归一化，PeakDetection，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录
版本	2.2.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(2年)
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (>= 3.4)
进口	Rcpp(> = 0.12.2),RcppArmadillo(> = 0.8.100.1.0),fpc，素食主义者，mclust，apcluster，ggplot2，椭圆，limma跑龙套,statmod，质量，igraph， grDevices，图形，fastcluster，ggdendro，动物园统计数据,北极监测和评估方案，Rtsne，gmodels
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，gplots，RColorBrewer，时刻，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.jjwanglab.org/Linnorm/
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	Linnorm_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	Linnorm_2.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Linnorm_2.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Linnorm
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Linnorm/
软件包下载报告	下载数据