MMDiff2

DOI:10.18129 / B9.bioc.MMDiff2

ChIP-Seq数据集的统计检验

Bioconductor版本:Release (3.6)

这个程序包检测不同ChIP-Seq样品中读取富集谱之间的统计显著差异。为了利用形状差异，它使用核方法(最大平均差异，MMD)。

作者:Gabriele Schweikert [cre, aut]， David Kuo [aut]

维护者:Gabriele Schweikert

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("MMDiff2")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“MMDiff2”)

PDF	R脚本	介绍MMDiff2方法
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，DifferentialPeakCalling，测序，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor公司	BioC 3.3 (R-3.3)(两年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3)，Rsamtools，Biobase
进口	GenomicRanges，locfit，BSgenome，Biostrings，闪亮的，ggplot2，RColorBrewer图形，grDevices，并行，S4Vectors、方法
链接
建议	MMDiffBamSubset，MotifDb，knitr，BiocStyle，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	MMDiffBamSubset
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MMDiff2_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	MMDiff2_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	MMDiff2_1.6.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/MMDiff2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MMDiff2/
软件包下载报告	下载数据