MSnbase

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSnbase

质谱和蛋白质组学的基本函数和类

Bioconductor版本:Release (3.6)

MSnbase为质谱和蛋白质组学数据的操作、处理和可视化提供基础设施，从原始数据到定量和注释数据。

作者:Laurent Gatto, Johannes Rainer和Sebastian Gibb，余光创，Samuel Wieczorek, vasle - cosmin Lazar, Vladislav Petyuk, Thomas Naake, Richie Cotton和Martina Fisher的贡献。

维护者:Laurent Gatto

安装

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##尝试http://if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("MSnbase")

文档

超文本标记语言	R脚本	关于“MSnbase”开发的简短介绍
超文本标记语言	R脚本	基于ms的蛋白质组学的基本函数和类
超文本标记语言	R脚本	MSnbase IO功能
超文本标记语言	R脚本	MSnbase2基准测试
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文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，基础设施，MassSpectrometry，蛋白质组学，质量控制，软件
版本	2.4.2
Bioconductor自	BioC 2.8 (R-2.13)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.1)，方法，BiocGenerics(> =是0.7.1),Biobase(> = 2.15.2),mzR(> = 2.11.11),BiocParallel，ProtGenerics(> = 1.9.1)
进口	plyr，IRanges，preprocessCore，vsn、网格、stats4affy，嫁祸于，pcaMethods，MALDIquant(> = 1.16),mzID(> = 1.5.2),消化，晶格，ggplot2，S4Vectors，XML，Rcpp
链接	Rcpp
建议	testthat，pryr，gridExtra，微基准测试，动物园，knitr(> = 1.1.0版),的方式，Rdisop，pRoloc，pRolocdata(> = 1.7.1上),msdata(> = 0.12.2),roxygen2，rgl，rpx，AnnotationHub，BiocStyle(> = 2.5.19),rmarkdown，imputeLCMD，规范，gplots，闪亮的
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lgatto/MSnbase
BugReports	https://github.com/lgatto/MSnbase/issues
取决于我	msmsEDA，msmsTests，ProCoNA，pRoloc，pRolocdata，pRolocGUI，proteoQC，RforProteomics，synapter，xcms
进口我	DAPAR，DAPARdata，部，MSnID，MSstats，MSstatsQC，Pbase，ProteomicsAnnotationHubData，RMassBank，topdownr
建议我	AnnotationHub，biobroom，BiocGenerics，等压线，qcmetrics，readat，rpx
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MSnbase_2.4.2.tar.gz
Windows二进制	MSnbase_2.4.2.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	MSnbase_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSnbase
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MSnbase/
包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档