NADFINDER

doi：10.18129/b9.bioc.nadfinder

调用宽峰进行测序数据

生物导体版本：版本（3.6）

核仁是真核细胞中核内部的重要结构。它是将rDNA转录为rRNA和组装核糖体（又称核糖体生物发生）的部位。另外，核仁是动态枢纽，许多蛋白质穿梭并接触特定的非RDNA基因组基因局基因座。与分离的核仁（NAD-SEQ）相关的DNA的深层测序分析表明，特定的基因座称为核仁 - 相关域（NADS），形成了与核仁的三维相关性。NAD-SEQ已用于研究NAD的生物学功能和胚胎干细胞（ESC）分化过程中NAD分布的动力学。在这里，我们开发了一个生物处理程序包NADFINDER，用于对NAD-SEQ数据的生物信息学分析，包括标准化，平滑，峰值调用，峰值修剪和注释。

作者：Jianhong OU，Jun Yu，Paul Kaufman，Lihua Julie Zhu

维护者：jianhong ou ，lihua julie zhu

安装

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文档

html	R脚本	NADFINDER VIGNETTE
PDF		参考手册

细节

生物浏览	dnaseq，，，，结肠管制，，，，峰值探测，，，，测序，，，，软件
版本	1.2.0
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（1年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.4），生物基因，，，，iranges，，，，基因组机，，，，S4VECTORS
进口	图形，方法，基线，，，，信号，，，，基因组签名，，，，GenomeInfodB，，，，rtracklayer，，，，总结性特征，，，，林玛，，，，TrackViewer，统计，utils
链接
建议	运行，，，，生物使用，，，，尼特，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10，，，，测试
系统要求
增强
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包装档案

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源包	nadfinder_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	nadfinder_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	nadfinder_1.2.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nadfinder
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/nadfinder/
软件包下载报告	下载统计