NanoStringQCPro

DOI:10.18129 / B9.bioc.NanoStringQCPro

NanoString mRNA基因表达数据的质量指标和数据处理方法

Bioconductor版本:Release (3.6)

NanoStringQCPro提供了一套质量指标，可用于评估NanoString mRNA基因表达数据的质量，即识别异常探针和异常样本。它还为该数据提供了不同的背景减法和归一化方法。它输出标记样本/探针的建议和易于共享的html质量控制输出。

作者:多萝西·尼克尔斯<尼克尔斯。多萝西在gene.com>，托马斯·桑德曼<桑德曼。thomas在gene.com>， Robert Ziman < Ziman。Robert在gene.com>，Richard Bourgon

维护者:罗伯特·齐曼<齐曼。Robert在gene.com>

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文本		新闻

细节

biocViews	微阵列，归一化，预处理，质量控制，ReportWriting，软件，mRNAMicroarray
版本	1.10.0
在Bioconductor中	BioC 3.1 (R-3.2)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.2)，方法
进口	AnnotationDbi(> = 1.26.0),org.Hs.eg.db(> = 2.14.0),Biobase(> = 2.24.0),knitr(> = 1.12),NMF(> = 0.20.5),RColorBrewer(> = 1.0 5),png(> = 0.1 7)
链接
建议	roxygen2(> = 4.0.1),testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
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包档案

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源包	NanoStringQCPro_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	NanoStringQCPro_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	NanoStringQCPro_1.10.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/NanoStringQCPro
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/NanoStringQCPro/
软件包下载报告	下载数据