OncoSimulR

DOI:10.18129 / B9.bioc.OncoSimulR

肿瘤上位性进展的正向遗传模拟

Bioconductor版本:Release (3.6)

功能向前群体遗传模拟在无性群体，特别关注癌症的进展。适应度可以是多个基因或基因模块之间遗传相互作用的任意函数，包括上位性、突变积累中的顺序限制和顺序效应。基因之间的突变率可能不同，我们可以包括突变/抗突变基因(以模拟突变表型)。模拟使用连续时间模型，可以包括驾驶员和乘客的基因和模块。还包括以下功能:模拟在癌基因图谱、联合贝叶斯网络和其他肿瘤进展模型中发现的随机dag类型;从单个或多个模拟实现中绘制和采样，包括单细胞采样;绘制克隆的亲子关系;生成随机的健身景观(粗糙的富士山、纸牌屋和附加模型)并绘制它们。

作者:Ramon Diaz-Uriarte [aut, cre]， Mark Taylor [ctb]

维护者:Ramon Diaz-Uriarte

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文档

超文本标记语言	R脚本	OncoSimulR:具有任意上位相互作用的无性群体的正向遗传模拟，并专注于模拟肿瘤进展。
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细节

biocViews	BiologicalQuestion，软件，SomaticMutation
版本	2.8.0
在Bioconductor中	BioC 3.0 (R-3.1)(3.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.3.0)
进口	Rcpp(>= 0.12.4)，平行，data.table，图，Rgraphviz，gtools，igraph、方法、RColorBrewergrDevices,车，dplyr，smatr，ggplot2，ggrepel，nem
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，knitr，Oncotree，testthat(> = 1.0.0),rmarkdown，bookdown，老鸨
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rdiaz02/OncoSimulhttps://popmodels.cancercontrol.cancer.gov/gsr/packages/oncosimulr/
BugReports	https://github.com/rdiaz02/OncoSimul/issues
这取决于我
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包档案

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源包	OncoSimulR_2.8.0.tar.gz
Windows二进制	OncoSimulR_2.8.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	OncoSimulR_2.8.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/OncoSimulR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/OncoSimulR/
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