PGA

DOI:10.18129 / B9.bioc.PGA

一个从RNA-Seq衍生的自定义数据库识别新肽的包

Bioconductor版本:Release (3.6)

该软件包提供了基于RNA-Seq数据的定制蛋白数据库的构建功能，有/无基因组引导，数据库搜索，后处理和报告生成。这种定制蛋白数据库既包括参考数据库(如Refseq或synbl)，也包括RNA-Seq数据中的新肽序列。

作者:徐少航，文博

维护人员:文博，徐绍航

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("PGA")

文档

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PDF	R脚本	PGA教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MassSpectrometry，蛋白质组学，RNASeq，ReportWriting，测序，软件
版本	1.8.1
Bioconductor自	BioC 3.2 (R-3.2)(2.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.0.1),IRanges，GenomicRanges，Biostrings(> = 2.26.3之前),data.table，rTANDEM
进口	S4Vectors(> = 0.9.25),Rsamtools(> = 1.10.2),GenomicFeatures(> = 1.19.8),biomaRt(> = 2.17.1),stringr，RCurl，喷嘴。R1，VariantAnnotation(> = 1.7.28),rtracklayer，RSQLite，ggplot2，AnnotationDbi，customProDB(> = 1.7.0),pheatmap
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，RUnit，BiocGenerics，BiocStyle，knitr，R.utils
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	PGA_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	PGA_1.8.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	PGA_1.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PGA
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/PGA/
包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档