Pathostat
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doi：10.18129/b9.bioc.Pathostat
Pathostat统计微生物组分析软件包
生物导体版本：版本（3.6）
该软件包的目的是对测序数据样本对元基因组学结果进行统计微生物组分析。特别是，它支持对病原体生成的报告文件的分析。Pathostat提供了各种功能，包括相对丰度图，多样性估计和图，差异丰度测试，时间序列可视化和核心OTU分析。
作者：solaiappan Manimaran
维护者：solaiapan manimaran
引用（从r内，输入引用（“ pathostat”））：
安装
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##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”）bioclite（“ pathostat”）
文档
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browsevignettes（“ pathostat”）
| R脚本 | pathostatusermanual | |
| html | R脚本 | PathostatAdadvanced |
| html | Pathostatintro | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | GraphandNetwork，，，，宏基因组学，，，，微阵列，，，，微生物组，，，，图案表格，，，，委托人，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，可视化 |
| 版本 | 1.4.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.4（R-3.3）（1。5年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | r（> = 3.3.1） |
| 进口 | MCMCPACK，，，，林玛，，，，公司，，，，rmarkDown，，，，尼特，，，，潘德，，，，矩阵，，，，RESHAPE2，，，，秤，，，，GGPLOT2，，，，Rentrez，，，，batchqc，，，，DT，，，，gtools，，，，花花公子，，，，plyr，，，，dplyr，，，，猿，，，，门索，，，，闪亮的，grdevices，统计，方法，XML，图形，utils，冲积，，，，生物使用，，，，EDGER，，，，预处理，，，，deseq2 |
| 链接 | |
| 建议 | 测试 |
| 系统要求 | Pandoc（http://pandoc.org/installing.html）用于生成Markdown文件的报告。 |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/mani2012/pathostat |
| BugReports | https://github.com/mani2012/pathostat/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | pathostat_1.4.1.tar.gz |
| Windows二进制 | pathostat_1.4.1..zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | pathostat_1.4.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/pactages/pathostat |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/pathostat/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
| Bioc 3.6的旧源软件包 | 来源存档 |
