属属
 |
 |
 |
 |
 |
doi：10.18129/b9.bioc.purecn
使用目标简短读取测序的复制号码调用和SNV分类
生物导体版本：版本（3.6）
该软件包估计肿瘤纯度，拷贝数和杂合性丧失（LOH），并根据体细胞状态和克隆性将单核苷酸变体（SNV）分类。PureCN设计用于针对性的简短读取测序数据，与标准的体细胞变体检测和复制号管道良好集成，并支持肿瘤样品，而无需匹配正常样品。
作者：Markus Riester [AUT，CRE]，Angad P. Singh [AUT]
维护者：Markus Riester
引用（从r内，输入引用（“核心”））：
安装
要安装此软件包，请启动R并输入：
##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”）bioclite（“ purecn”）
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ Purecn”）
| R脚本 | 属属概述 | |
| R脚本 | 快速启动和命令行的用法 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 库务，，，，覆盖范围，，，，测序，，，，软件，，，，变体，，，，变体挖出 |
| 版本 | 1.8.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.3（R-3.3）（2年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | r（> = 3.3），DNACOPIGY，，，，变体（> = 1.14.1） |
| 进口 | 基因组机（> = 1.20.3），iranges（> = 2.2.1），rcolorbrewer，，，，S4VECTORS，，，，Data.Table，grdevices，图形，统计，utils，总结性特征，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicFeatures，，，，rsamtools，，，，生物弦，，，，生物基因，，，，rtracklayer，，，，GGPLOT2，，，，徒劳，，，，VGAM，，，，EDGER， 工具，林玛 |
| 链接 | |
| 建议 | PSCB，，，，运行，，，，生物使用，，，，尼特，，，，Optparse，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，org.hs.eg.db |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/lima1/purecn |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | Purecn_1.8.1.tar.gz |
| Windows二进制 | Purecn_1.8.1.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | Purecn_1.8.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/purecn |
| 包装短URL | //www.andersvercelli.com/packages/purecn/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
| Bioc 3.6的旧源软件包 | 来源存档 |
