QuasR

DOI:10.18129 / B9.bioc.QuasR

在R中量化和注释短阅读

Bioconductor版本:Release (3.6)

这个包为Short read的量化和分析提供了一个框架。它涵盖了从原始序列读取、比对和质量控制图的创建到感兴趣的基因组区域的量化的完整工作流。

作者:Anita Lerch, Dimos Gaiditzis和Michael Stadler

维护者:Michael Stadler < Michael。施在fmi.ch >

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("QuasR")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“QuasR”)

PDF	R脚本	对类星体的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，报道，遗传学，MethylSeq，预处理，质量控制，RNASeq，测序，软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(5年)
许可证	GPL-2
取决于	平行,GenomicRanges(> = 1.13.3),Rbowtie
进口	方法，grDevices，图形，utils，zlibbioc，BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges，BiocInstaller，Biobase，Biostrings，BSgenome，Rsamtools(> = 1.19.38),GenomicFeatures(> = 1.17.13),ShortRead(> = 1.19.1),GenomicAlignments，BiocParallel，GenomeInfoDb，rtracklayer，GenomicFiles
链接	Rsamtools
建议	Gviz，RUnit，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	QuasR_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	QuasR_1.18.0.zip(64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	QuasR_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QuasR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/QuasR/
包下载报告	下载数据