Repitools

DOI:10.18129 / B9.bioc.Repitools

外遗传性工具

Bioconductor版本:Release (3.6)

基于富集的表观基因组数据分析工具。功能包括根据基因表达上下文跨启动子的表观基因组数据总结和可视化，发现差异甲基化/结合区域，用于甲基化量化的BayMeth等。

作者:马克·罗宾逊<马克。罗宾逊在imls.uzh.ch >，Dario Strbenac , Aaron Statham , Andrea Riebler

维护者:Mark Robinson < Mark。罗宾逊在imls.uzh.ch >

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("Repitools")

文档

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browseVignettes(“Repitools”)

PDF	R脚本	用Repitools进行表观基因组测序
PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation，GeneExpression，MethylSeq，软件
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(6.5年)
许可证	LGPL (> = 2)
取决于	R(>= 3.0.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.8.0)
进口	平行,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 1.20.0),GenomeInfoDb，GenomicRanges，Biostrings，Rsamtools，GenomicAlignments，rtracklayer，BSgenome，gplots、网格质量，gsmoothr，刨边机(> = 3.4.0),DNAcopy，林格，aroma.affymetrix，Rsolnp，集群
链接
建议	ShortRead，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Repitools_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	Repitools_1.24.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Repitools_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Repitools
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Repitools/
包下载报告	下载数据