ReportingTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.ReportingTools

用于制作各种格式的报告的工具

Bioconductor版本:Release (3.6)

ReportingTools软件包使用户能够轻松地显示从微阵列和测序数据等来源生成的分析结果报告。该软件包允许用户创建HTML页面，这些页面可以在Safari等网络浏览器上查看，也可以以Excel等程序可读的其他格式查看。用户可以生成具有可排序和可筛选列的表，制作和显示图，并将表项链接到其他数据源，如NCBI或HTML页面中的更大的图。使用这个包，用户还可以生成一个目录页，将特定项目的各种报告链接在一起，可以在web浏览器中查看。更多例子，请访问我们的网站:http://research-pub.gene.com/ReportingTools。

作者:Jason A. Hackney, Melanie Huntley, Jessica L. Larson, Christina Chaivorapol, Gabriel Becker和Josh Kaminker

维护者:Jason A. Hackney < Hackney。杰森在gene.com>，加布里埃尔·贝克尔<贝克尔。盖比在gene.com>，杰西卡l拉尔森<拉尔森。杰西卡在gmail.com >

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("ReportingTools")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ReportingTools”)

PDF	R脚本	微阵列差异表达报告
PDF	R脚本	RNA-seq差异表达报告
PDF	R脚本	ReportingTools基础知识
PDF	R脚本	ReportingTools闪亮的
超文本标记语言	R脚本	Knitr和ReportingTools
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation，去，GeneSetEnrichment，微阵列，RNASeq，软件，可视化
版本	2.17.3
Bioconductor自	BioC 2.11 (R-2.15)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,knitr,跑龙套
进口	Biobase，hwriter，类别，GOstats，limma(> = 3.17.5),晶格，AnnotationDbi，刨边机，注释，PFAM.db，GSEABase，BiocGenerics(> = 0.1.6)、网格XML，R.utils，DESeq2(> = 1.3.41),ggplot2，ggbio，IRanges
链接
建议	RUnit，所有，hgu95av2.db，org.Mm.eg.db，闪亮的，pasilla，org.Sc.sgd.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	affycoretools，EnrichmentBrowser
建议我	cpvSNP，GSEABase，npGSEA
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ReportingTools_2.17.3.tar.gz
Windows二进制	ReportingTools_2.17.3.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ReportingTools_2.17.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ReportingTools
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ReportingTools/
包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档