SICtools

DOI:10.18129 / B9.bioc.SICtools

找出两个bam文件之间的SNV/Indel差异

Bioconductor版本:Release (3.6)

这个包是通过跨感兴趣基因组区域的每个碱基位置，以两两比较的方式，找到两个关系近的bam文件之间的SNV/Indel差异。通过fisher检验和欧氏距离推断其差异，其输入为给定位置的基数计数(A,T,G,C)和indel区域两侧跨度不小于2bp的indel的读数计数。

作者:邢晓斌，吴伟

维护人员:Xiaobin Xing

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("SICtools")

文档

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browseVignettes(“SICtools”)

PDF	R脚本	使用SICtools
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，报道，DataImport，质量控制，单核苷酸多态性，SequenceMatching，测序，软件，VariantDetection
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (R-3.2)(2.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(>= 3.0.0)，方法，Rsamtools(> = 1.18.1),doParallel(> = 1.0.8),Biostrings(> = 2.32.1),stringr(> = 0.6.2),matrixStats(> = 0.10.0),plyr(> = 1.8.3),GenomicRanges(> = 1.22.4),IRanges(> = 2.4.8)
进口
链接
建议	knitr，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SICtools_1.8.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SICtools_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SICtools
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SICtools/
包下载报告	下载数据