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SplicingGraphs
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DOI:10.18129 / B9.bioc.SplicingGraphs
创建、操作、可视化拼接图,并分配RNA-seq读取
Bioconductor版本:版本(3.6)
这个包允许用户创建、操作和可视化拼接图及其泡沫基于基因模型对于一个给定的有机体。此外它允许用户指定RNA-seq读取一组的边缘拼接图,以不同的方式,并总结他们。
作者:d . Bindreither m·卡尔森·m·摩根,h .页面
维修工:h .页< hpages fredhutch.org >
从内部引用(R,回车引用(“SplicingGraphs”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“SplicingGraphs”)
文档
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browseVignettes (“SplicingGraphs”)
| R脚本 | 拼接图和RNA-seq数据 | |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | AlternativeSplicing,注释,DataRepresentation,GeneExpression,遗传学,RNASeq,测序,软件,转录,可视化 |
| 版本 | 1.18.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.12 (r - 3.0)(5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | GenomicFeatures(> = 1.17.13),GenomicAlignments(> = 1.1.22),Rgraphviz(> = 2.3.7) |
| 进口 | 方法,跑龙套,图形,igraph,BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 2.3.21),GenomeInfoDb,GenomicRanges(> = 1.23.21),GenomicFeatures,Rsamtools,GenomicAlignments,图,Rgraphviz |
| 链接 | |
| 建议 | igraph,Gviz,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,RUnit |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | SplicingGraphs_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | SplicingGraphs_1.18.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | SplicingGraphs_1.18.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SplicingGraphs |
| 包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/SplicingGraphs/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
