SummarizedExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SummarizedExperiment

SummarizedExperiment容器

Bioconductor版本:Release (3.6)

summarizeexperiment容器包含一个或多个测试，每个测试都由数字或其他模式的类似矩阵的对象表示。行通常表示感兴趣的基因组范围，列表示样本。

作者:马丁·摩根，瓦莱丽·奥本chain，吉姆·赫斯特，Hervé Pagès

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“summarizeexperiment”)

文档

超文本标记语言	R脚本	SummarizedExperiment
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，遗传学，GenomeAnnotation，基础设施，测序，软件
版本	1.8.1
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.2)，方法，GenomicRanges(> = 1.29.14),Biobase，DelayedArray(> = 0.3.20)
进口	效用，统计，工具，矩阵，BiocGenerics(> = 0.15.3),S4Vectors(> = 0.13.13),IRanges(> = 2.11.17),GenomeInfoDb(> = 1.13.1)
链接
建议	注释，AnnotationDbi，hgu95av2.db，GenomicFeatures，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BiocStyle，knitr，rmarkdown，消化，jsonlite，rhdf5，HDF5Array(> = 1.5.8),气道，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	气道，AllelicImbalance，anamiR，BiocSklearn，BiSeq，bnbc，bsseq，clusterExperiment，coseq，csaw，cydar，DaMiRseq，deepSNV，DESeq2，DEXSeq，DiffBind，diffHic，DMCHMM，DREAM4，dsQTL，ENmix，EnrichmentBrowser，epigenomix，EventPointer，ExpressionAtlas，裂变，GenoGAM，GenomicAlignments，GenomicFiles，genoset，geuvPack，GRmetrics，HelloRanges，InteractionSet，感兴趣，isomiRs，ivygapSE，JunctionSeq，桅杆，工商管理硕士，methylPipe，microRNAome，minfi，miRmine，mpra，parathyroidSE，重新计票，REMP，restfulSE，restfulSEData，RIPSeeker，rqt，runibic，sampleClassifierData，Scale4C，嘘，司康饼，scRNAseq，SGSeq，simulatorZ，SingleCellExperiment，soGGi，经验丰富的人，VanillaICE，VariantAnnotation，山药，zinbwave
进口我	ALDEx2，高山，anamiR，anota2seq，apeglm，AUCell，基础知识，BBCAnalyzer，biotmle，biovizBase，BiSeq，brgedata，BUMHMM，ChIPpeakAnno，chromVAR，CNPBayes，coexnet，COSMIC.67，DChIPRep，debrowser，反编排，DEGreport，部，easyRNASeq，埃尔默，ensemblVEP，epivizrData，erma，FourCSeq，GGBase，ggbio，gQTLBase，gQTLstats，GreyListChIP，gwascat，HTSeqGenie，理想的，IHWpaper，ImpulseDE2，InterMineR，M3D，MADSEQ，餐，methyAnalysis，MethylAid，methylumi，methyvim，MinimumDistance，MoonlightR，motifmatchr，msgbsR，MultiAssayExperiment，MultiDataSet，multiOmicsViz，MutationalPatterns，MWASTools，NADfinder，oligoClasses，omicRexposome，oncomix，pcaExplorer，phenopath，PureCN，R453Plus1Toolbox，RaggedExperiment，RareVariantVis，readat，regionReport，regsplice，rgsepd，咆哮，RTCGAToolbox，SC3，scDD，scfind，scmap，SCnorm，scoreInvHap，scPipe，食物，semisup，seqCAT，激流回旋，SNPchip，SNPhood，飞溅，SVAPLSseq，switchde，systemPipeR，TCGAbiolinks，TCGAbiolinksGUI，TCGAWorkflowData，TCseq，tenXplore，ToPASeq，TSRchitect，TVTB，VariantFiltering，yriMulti，zFPKM
建议我	AnnotationHub，biobroom，biotmleData，DelayedArray，epivizr，epivizrChart，esetVis，GENIE3，GenomicRanges，globalSeq，HDF5Array，interactiveDisplay，methyvimData，pathprint，pathprintGEOData，podkat，RiboProfiling
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	SummarizedExperiment_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	SummarizedExperiment_1.8.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SummarizedExperiment_1.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SummarizedExperiment
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SummarizedExperiment/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档