TFHAZ

DOI:10.18129 / B9.bioc.TFHAZ

转录因子高聚集区

Bioconductor版本:Release (3.6)

它发现了转录因子(TF)高积累的DNA区域，即沿基因组有不同转录因子高存在的区域。从包含TF结合区域基因组位置的数据集开始，对于所选染色体的每个碱基，计算TF的积累。有三种不同类型的积累(TF、区域和基底积累)，在单基底积累计算中，可以考虑TF不仅出现在该单个基底中，而且出现在其附近，在给定宽度的窗口内。然后，高积累DNA区被定义为由积累等于或高于给定阈值的连续碱基形成的基因组区域。此外，还提供了一些函数，以分析、可视化和比较不同输入参数所获得的结果。

作者:Alberto Marchesi, Marco Masseroli

维护者:Alberto Marchesi < Alberto。3月91日在gmail.com>

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文档

超文本标记语言	R脚本	TFHAZ
PDF		参考手册

细节

biocViews	BiologicalQuestion，ChIPSeq，报道，软件，转录
版本	1.0.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4)
进口	GenomicRanges，S4Vectors， grDevices，图形，统计，utils，IRanges
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
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包档案

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源包	TFHAZ_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	TFHAZ_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	TFHAZ_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFHAZ
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TFHAZ/
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