Bioconductor版本:Release (3.6)
使用不同的标准筛选遗传变异,如遗传模型,氨基酸变化后果,人类群体中的小等位基因频率,剪接位点强度,保守性等。
作者:Robert Castelo [aut, cre], Dei Martinez Elurbe [ctb], Pau Puigdevall [ctb]
维护者:Robert Castelo < Robert。Castelo在upf.edu>
引文(从R内,输入引用(“VariantFiltering”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“VariantFiltering”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“VariantFiltering”)
R脚本 | 变异过滤:过滤编码和非编码遗传变异 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 注释,遗传学,HighThroughputSequencing,Homo_sapiens,单核苷酸多态性,测序,软件 |
版本 | 1.14.0 |
在Bioconductor | BioC 2.14 (R-3.1)(4年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(>= 3.0.0),方法,BiocGenerics(> = 0.13.8),VariantAnnotation(> = 1.13.29) |
进口 | 跑龙套,Biobase,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 2.3.23),RBGL,图,AnnotationDbi,BiocParallel,Biostrings(> = 2.33.11),GenomeInfoDb(> = 1.3.6),GenomicRanges(> = 1.19.13),SummarizedExperiment,GenomicFeatures,Rsamtools(> = 1.17.8),BSgenome,Gviz,闪亮的,GenomicScores(> = 1.0.0) |
链接 | S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings |
建议 | RUnit,BiocStyle,org.Hs.eg.db,BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5,phastCons100way.UCSC.hg19,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,SIFT.Hsapiens.dbSNP137 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/rcastelo/VariantFiltering |
BugReports | https://github.com/rcastelo/VariantFiltering/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | VariantFiltering_1.14.0.tar.gz |
Windows二进制 | VariantFiltering_1.14.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | VariantFiltering_1.14.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantFiltering |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/VariantFiltering/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
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