amplican

DOI:10.18129 / B9.bioc.amplican

自动分析CRISPR实验。

Bioconductor版本:Release (3.6)

' amplican '执行放大器读取对齐,规范化收集的数据,计算多个统计数据(例如切割率,框架转换),并以聚合报告的形式显示结果。数据和统计数据可以通过实验、条形码、用户定义的组、指南和放大器进行分解,以便快速识别潜在的问题。

作者:Kornel Labun [aut], Eivind Valen [cph, cre]

维护者:Eivind Valen < Eivind。瓦伦gmail.com >

引用(从R中,输入引用(“amplican”)):

安装

要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http://if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("amplican")

文档

超文本标记语言 R脚本 amplican概述
超文本标记语言 R脚本 例子amplicon_report报告
超文本标记语言 R脚本 例子barcode_report报告
超文本标记语言 R脚本 例子group_report报告
超文本标记语言 R脚本 例子guide_report报告
超文本标记语言 R脚本 例子id_report报告
超文本标记语言 R脚本 例子指数报告
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐CRISPR软件技术qPCR
版本 1.0.0
许可证 GPL-3
取决于 R(>= 3.4.0),方法,BiocGenerics(> = 0.22.0),Biostrings(> = 2.44.2),data.table(> = 1.10.4)
进口 跑龙套(> = 3.4.1),S4Vectors(> = 0.14.3),ShortRead(> = 1.34.0),IRanges(> = 2.10.2),GenomicRanges(> = 1.28.4),GenomeInfoDb(> = 1.12.2),BiocParallel(> = 1.10.1),gtable(> = 0.2.0),gridExtra(> = 2.2.1),ggplot2(> = 2.2.0),ggbio(> = 1.24.1),ggthemes(> = 3.4.0),华夫格(> = 0.7.0),stringr(>= 1.2.0), stats (>= 3.4.1),matrixStats(> = 0.52.2),矩阵-10年(> = 1.2),dplyr(> = 0.7.2),rmarkdown(> = 1.6),knitr(> = 1.16),clusterCrit(> = 1.2.7)编写
链接
建议 testthatBiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/valenlab/amplican
BugReports https://github.com/valenlab/amplican/issues
取决于我
进口我
建议我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包 amplican_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 amplican_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) amplican_1.0.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/amplican
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/amplican/
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