Bioconductor版本:Release (3.6)
' amplican '执行放大器读取对齐,规范化收集的数据,计算多个统计数据(例如切割率,框架转换),并以聚合报告的形式显示结果。数据和统计数据可以通过实验、条形码、用户定义的组、指南和放大器进行分解,以便快速识别潜在的问题。
作者:Kornel Labun [aut], Eivind Valen [cph, cre]
维护者:Eivind Valen < Eivind。瓦伦gmail.com >
引用(从R中,输入引用(“amplican”)
):
要安装这个包,开始R,然后输入:
##尝试http://if https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("amplican")
超文本标记语言 | R脚本 | amplican概述 |
超文本标记语言 | R脚本 | 例子amplicon_report报告 |
超文本标记语言 | R脚本 | 例子barcode_report报告 |
超文本标记语言 | R脚本 | 例子group_report报告 |
超文本标记语言 | R脚本 | 例子guide_report报告 |
超文本标记语言 | R脚本 | 例子id_report报告 |
超文本标记语言 | R脚本 | 例子指数报告 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,CRISPR,软件,技术,qPCR |
版本 | 1.0.0 |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R(>= 3.4.0),方法,BiocGenerics(> = 0.22.0),Biostrings(> = 2.44.2),data.table(> = 1.10.4) |
进口 | 跑龙套(> = 3.4.1),S4Vectors(> = 0.14.3),ShortRead(> = 1.34.0),IRanges(> = 2.10.2),GenomicRanges(> = 1.28.4),GenomeInfoDb(> = 1.12.2),BiocParallel(> = 1.10.1),gtable(> = 0.2.0),gridExtra(> = 2.2.1),ggplot2(> = 2.2.0),ggbio(> = 1.24.1),ggthemes(> = 3.4.0),华夫格(> = 0.7.0),stringr(>= 1.2.0), stats (>= 3.4.1),matrixStats(> = 0.52.2),矩阵-10年(> = 1.2),dplyr(> = 0.7.2),rmarkdown(> = 1.6),knitr(> = 1.16),clusterCrit(> = 1.2.7)编写 |
链接 | |
建议 | testthat,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/valenlab/amplican |
BugReports | https://github.com/valenlab/amplican/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | amplican_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | amplican_1.0.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | amplican_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/amplican |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/amplican/ |
包下载报告 | 下载数据 |
支持»
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