Biomart

doi：10.18129/b9.bioc.biomart

BiomArt数据库的接口（例如Ensembl，Cosmic，Wormbase和Gramene）

生物导体版本：版本（3.6）

近年来，公共数据存储库已获得大量生物学数据。对于全面的生物信息学数据分析，需要轻松访问这些有价值的数据资源和与数据分析的公司集成。BIOMART提供了越来越多的数据库集合的接口，该数据库实施了Biomart软件套件（http://www.biomart.org）。该软件包可以以统一的方式检索大量数据，而无需了解基础数据库模式或编写复杂的SQL查询。BiomArt数据库的示例是Ensembl，Cosmic，Uniprot，HGNC，Gramene，Wormene，Wormbase和DBSNP映射到Ensembl。这些主要数据库使BiomArt用户可以直接访问各种数据集，并启用从基因注释到数据库挖掘的广泛强大的在线查询。

作者：Steffen Durinck [Aut]，Wolfgang Huber [AUT]，Sean Davis [CTB]，Francois Pepin [CTB]，Vince S Buffalo [CTB]，Mike Smith [CTB，CRE]

维护者：迈克·史密斯（Mike Smith）

安装

要安装此软件包，请启动R并输入：

##尝试http：//如果不支持https：// url不支持源（“ //www.andersvercelli.com/bioclite.r”）bioclite（“ biomart”）

文档

html	R脚本	BIOMART用户指南
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，软件
版本	2.34.2
在生物导体中	Bioc 1.6（R-2.1）或更早（> 13年）
执照	艺术2.0
要看	方法
进口	utils，XML，，，，rcurl，，，，AnnotationDbi，，，，进步，，，，Stringr，，，，httr
链接
建议	注释，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强
URL
取决于我	Chromplot，，，，彗星，，，，CustomProdb，，，，达格洛戈，，，，域名，，，，drugvsdisease，，，，Genefu，，，，基因组，，，，米尼卡，，，，ppinfer，，，，诗篇，，，，Roleswitch，，，，寿司，，，，vegamc
进口我	arrayexpresshts，，，，不良区域，，，，分支机构，，，，Chippeakanno，，，，计时，，，，Cobindr，，，，CustomProdb，，，，dexseq，，，，diffloop，，，，doqtl，，，，EasyRnaseq，，，，EDASEQ，，，，埃尔默，，，，GenomicFeatures，，，，Genvisr，，，，gesper，，，，goexpress，，，，gostag，，，，GVIZ，，，，HTSANALYZER，，，，IDMappingRetRieval，，，，isobar，，，，keggprofile，，，，Medips，，，，代谢信号，，，，metaseqr，，，，甲基分析，，，，mgfr，，，，oncoscore，，，，负鼠，，，，PBase，，，，PCAEXPLORER，，，，PGA，，，，表，，，，proloc，，，，psygenet2r，，，，杂种，，，，R453plus1toolbox，，，，拉姆瓦斯，，，，RCAS，，，，补偿，，，，RGSEPD，，，，rnaither，，，，rnaseqsamples，，，，评分，，，，scpipe，，，，seq2pathway，，，，seqgsea，，，，碎片，，，，tcgabiolinks，，，，转录图，，，，特雷娜，，，，纱
建议我	注释，，，，生物萨尔，，，，生物探测，，，，CCTORIAL，，，，Celltree，，，，Chromstar，，，，clusterudge，，，，Geneanswers，，，，Genominator，，，，H5VC，，，，Leebamviews，，，，林，，，，Massir，，，，米尼卡，，，，幻影，，，，突变模式，，，，奥利戈，，，，奥利戈，，，，Onechannelgui，，，，有机体，，，，Paxtoolsr，，，，钢琴，，，，皮革，，，，后代，，，，R3CPET，，，，rcade，，，，rforpoteomics，，，，Ripseeker，，，，rnaseqtutorial，，，，rnbeads，，，，rtandem，，，，rtrm，，，，Shortread，，，，SIM，，，，辛克尔，，，，Systempiper，，，，TrackViewer，，，，WigglePlotr，，，，Zinbwave
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	biomart_2.34.2.tar.gz
Windows二进制	biomart_2.34.2.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	biomart_2.34.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biomart
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/biomart/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.6的旧源软件包	来源存档