卡斯珀

DOI:10.18129 / B9.bioc.casper

基于成对端读的可选拼接的表征

Bioconductor版本:Release (3.6)

从配对端RNA-seq数据推断可选剪接。该模型基于跨外显子的路径计数，而不是对偶外显子连接，并非参数估计片段大小和起始分布，提高了估计精度。

作者:David Rossell, Camille Stephan-Otto, Manuel Kroiss, Miranda Stobbe, Victor Pena

维护人员:David Rossell

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("casper")

文档

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browseVignettes(“鬼马小精灵”)

PDF		DesignRNASeq.pdf
PDF	R脚本	casper库的手册
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,测序,软件,转录
版本	2.12.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.14.1),Biobase,IRanges、方法、GenomicRanges
进口	BiocGenerics,coda,EBarrays,gaga,gtools,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,limma,mgcv,Rsamtools,rtracklayer,S4Vectors(> = 0.9.25),sqldf,生存,VGAM
链接
建议
SystemRequirements
增强了	平行
URL
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进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	casper_2.12.0.tar.gz
Windows二进制	casper_2.12.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	casper_2.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/casper
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/casper/
包下载报告	下载数据