cellTree

DOI:10.18129 / B9.bioc.cellTree

单细胞RNA-seq数据的层次树结构推理和可视化

Bioconductor版本:Release (3.6)

该软件包计算了单细胞RNA-seq数据的潜狄利克雷分配(LDA)模型，并构建了单个细胞随时间或空间的关系的紧凑树模型。

作者:David duVerle [aut, cre]， Koji Tsuda [aut]

维护者:David duVerle

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("cellTree")

文档

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browseVignettes(“cellTree”)

PDF	R脚本	单细胞RNA-seq数据作为层次树结构的推断和可视化
PDF		参考手册

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，CellBiology，聚类，FunctionalGenomics，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，微阵列，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology，TimeCourse，可视化
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(两年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3),topGO
进口	topicmodels，大满贯，maptpx，igraph，xtable，gplots
链接
建议	BiocStyle，knitr，HSMMSingleCell，biomaRt，org.Hs.eg.db，Biobase、工具
SystemRequirements
增强了
URL	http://tsudalab.org
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	cellTree_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	cellTree_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	cellTree_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cellTree
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/cellTree/
包下载报告	下载数据