chipenrich

DOI:10.18129 / B9.bioc.chipenrich

ChIP-seq峰值数据的基因集富集

Bioconductor版本:Release (3.6)

chip - enrichment使用来自ChIP-seq实验的峰值进行基因集富集测试。该方法从经验上纠正了诸如基因长度和基因周围序列的可映射性等混杂因素。

作者:Ryan P. Welch [aut, cph]， Chee Lee [aut]， Raymond G. Cavalcante [aut, cre]， Chris Lee [aut]， Laura J. Scott [th]， Maureen A. Sartor [th]

维护者:Raymond G. Cavalcante

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("chipenrich")

文档

超文本标记语言	R脚本	chipenrich_vignette
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文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneSetEnrichment，HistoneModification，回归，软件
版本	2.2.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (R-3.0)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	AnnotationDbi，BiocGenerics，chipenrich.data，GenomeInfoDb，GenomicRanges、grDevices、网格IRanges，晶格，latticeExtra、方法、mgcv，org.Dm.eg.db，org.Dr.eg.db，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，org.Rn.eg.db平行,plyr，rms，rtracklayer，S4Vectors统计数据,stringr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，devtools，knitr，rmarkdown，roxygen2，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	chipenrich_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	chipenrich_2.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	chipenrich_2.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipenrich
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/chipenrich/
包下载报告	下载数据