chipseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.chipseq

chipseq:用于分析chipseq数据的包

Bioconductor版本:Release (3.6)

用于帮助处理chipseq实验的短读数据的工具

作者:Deepayan Sarkar, Robert Gentleman, Michael Lawrence，姚子珍

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("chipseq")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“chipseq”)

PDF	R脚本	一个ChIP-Seq分析工作流程示例
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，报道，DataImport，质量控制，测序，软件
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.5 (R-2.10)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10)，方法，BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 1.99.1),GenomicRanges(> = 1.17.7),ShortRead
进口	方法、统计数据晶格，BiocGenerics，IRanges，GenomicRanges，ShortRead
链接
建议	BSgenome，GenomicFeatures，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	平
进口我	ChIPQC，文案，HTSeqGenie，soGGi，transcriptR
建议我	GenoGAM，ggbio，oneChannelGUI
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	chipseq_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	chipseq_1.28.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	chipseq_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipseq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/chipseq/
包下载报告	下载数据