chromVAR

DOI:10.18129 / B9.bioc.chromVAR

区域间的染色质变异

Bioconductor版本:Release (3.6)

确定染色质可及性在注释组或峰组之间的变化。主要用于单细胞或稀疏染色质可及性数据，例如scATAC-seq或稀疏体ATAC或dna -seq实验。

作者:Alicia Schep [aut, cre]， Jason Buenrostro [cth]， Caleb Lareau [cth]， William Greenleaf [th]， Stanford University [cph]

维护者:Alicia Schep

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文档

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细节

biocViews	GeneRegulation，测序，SingleCell，软件
版本	1.0.2中
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (>= 3.4)
进口	IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，ggplot2，nabor，BiocParallel，BiocGenerics，Biostrings，TFBSTools，Rsamtools，S4Vectors、方法、Rcpp、网格情节，闪亮的，miniUI，统计，utils，图形，DT，Rtsne，矩阵，SummarizedExperiment，RColorBrewer，BSgenome
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	JASPAR2016，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，readr，testthat，knitr，rmarkdown，pheatmap，motifmatchr
SystemRequirements	c++ 11
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包档案

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源包	chromVAR_1.0.2.tar.gz
Windows二进制	chromVAR_1.0.2.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	chromVAR_1.0.2.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/chromVAR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/chromVAR/
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