chromstaR

DOI:10.18129 / B9.bioc.chromstaR

ChIP-Seq数据的组合和差分染色质状态分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

这个包实现了ChIP-seq数据的组合和微分分析函数。它包括单峰和多峰调用，导出到基因组浏览器可见文件，以及用于丰富分析的函数。

作者:Aaron Taudt, Maria Colome Tatche, Matthias Heinig, Minh Anh Nguyen

维护者:Aaron Taudt < Aaron。在gmail.com taudt >

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("chromstaR")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“chromstaR”)

PDF	R脚本	chromstaR用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，DifferentialPeakCalling，HiddenMarkovModel，HistoneModification，MultipleComparison，软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3),GenomicRanges，ggplot2，chromstaRData
进口	方法，utils, grDevices，图形，统计，foreach，doParallel，S4Vectors，GenomeInfoDb，IRanges，reshape2，Rsamtools，GenomicAlignments，bamsignals，mvtnorm
链接
建议	knitr，BiocStyle，testthat，biomaRt，ggbio
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	chromstaR_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	chromstaR_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	chromstaR_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromstaR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/chromstaR/
包下载报告	下载数据