dada2

DOI:10.18129 / B9.bioc.dada2

从扩增子测序数据准确、高分辨率的样本推断

Bioconductor版本:Release (3.6)

dada2封装从高通量扩增子测序数据中推断出精确的扩增子序列变异(asv)，取代了更粗糙和更不准确的OTU聚类方法。dada2管道将解复用的fastq文件作为输入，并在去除替换和嵌合体错误后输出序列变体及其样本丰度。分类分类可通过RDP朴素贝叶斯分类器的本地实现，以及通过精确匹配的属-种分配。

作者:本杰明·卡拉汉(Benjamin Callahan)Callahan在gmail.com>，Paul McMurdie, Susan Holmes

维护人员:Benjamin Callahan < Benjamin .j。Callahan在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("dada2")

文档

超文本标记语言	R脚本	dada2简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，宏基因组，微生物组，测序，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(2年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 3.2.0)，Rcpp(>= 0.11.2)，方法(>= 3.2.0)
进口	Biostrings(> = 2.42.1),ggplot2(> =魅惑,data.table(> = 1.9.4),reshape2(> = 1.4.1),ShortRead(> = 1.32.0),RcppParallel(>= 4.3.0)，平行(>= 3.2.0)
链接	Rcpp，RcppParallel
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	http://benjjneb.github.io/dada2/
BugReports	https://github.com/benjjneb/dada2/issues
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	dada2_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	dada2_1.6.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	dada2_1.6.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dada2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/dada2/
软件包下载报告	下载数据