debrowser

DOI:10.18129 / B9.bioc.debrowser

debrowser:交互式的微分表达式的值分析浏览器

Bioconductor版本:版本(3.6)

生物信息学平台包含互动情节和表基因和地区差异表达研究。允许在交互式可视化表达数据更加深入和更快的方式。通过改变参数,用户可以很容易地发现不同部分的数据,就像从未做过。手动创建,这些情节需要时间。与DEBrowser用户可以准备阴谋而无需编写任何代码。微分表达式,现场主成分分析和聚类分析,结果显示在各种散射等情节,酒吧,盒子,马火山,情节和热图。

作者:高山Kucukural <高山。在umassmed.edu kucukural >,Manuel Garber

维护人员:高山Kucukural <高山。在umassmed.edu kucukural >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“debrowser”)

文档

HTML	R脚本	DEBrowser装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ChIPSeq,聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,测序,软件
版本	1.6.8
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(2年)
许可证	GPL-3 +文件许可
取决于	R (> = 3.3.0),闪亮的,ggvis,jsonlite,shinyjs
进口	DT,ggplot2,RColorBrewer,注释,gplots,AnnotationDbi,DESeq2,剂量,igraphgrDevices图形,统计,跑龙套,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,SummarizedExperiment,stringi,reshape2,baySeq,d3heatmap,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,limma,刨边机,clusterProfiler,V8、方法、股东价值分析,shinydashboard,RCurl,pathview,shinyBS,googleAuthR
链接
建议	testthat,rmarkdown,knitr,R.rsp
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/UMMS-Biocore/debrowser
BugReports	https://github.com/UMMS-Biocore/debrowser/issues/new
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	debrowser_1.6.8.tar.gz
Windows二进制	debrowser_1.6.8.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	debrowser_1.6.8.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/debrowser
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/debrowser/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.6源码包	源存档