derfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.derfinder

通过DER Finder方法在碱基对分辨率下对RNA-seq数据进行注释不可知的差异表达分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

该软件包提供了对RNA-seq数据进行注释无关差异表达分析的功能。DER Finder方法的两种实现包括在这个包中:(1)单个基本级别的f统计和(2)在表达的区域级别的DER识别。DER Finder方法也可用于识别差分有界ChIP-seq峰。

作者:Leonardo Collado-Torres [aut, cre]， Alyssa C. Frazee [ctb]， Andrew E. Jaffe [aut]， Jeffrey T. Leek [aut, this]

维护者:Leonardo Collado-Torres

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("derfinder")

文档

超文本标记语言	R脚本	Derfinder快速入门指南
超文本标记语言	R脚本	Derfinder用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，DifferentialExpression，DifferentialPeakCalling，RNASeq，测序，软件
版本	1.12.6
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.2)
进口	AnnotationDbi(> = 1.27.9),BiocParallel，bumphunter(> = 1.9.2),derfinderHelper(> = 1.1.0版),GenomeInfoDb(> = 1.3.3),GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicFiles，GenomicRanges(> = 1.17.40),Hmisc，IRanges(>= 2.3.23)，方法qvalue(> = 1.99.0),Rsamtools(> = 1.25.0),rtracklayer，S4Vectors(> = 0.9.38)
链接
建议	BiocStyle(> = 2.5.19),biovizBase，devtools(> = 1.6),derfinderData(> = 0.99.0),derfinderPlot，DESeq2，ggplot2，knitcitations(> = 1.0.1),knitr(> = 1.6),limma，RefManageR，rmarkdown(> = 0.3.3),testthat，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lcolladotor/derfinder
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/derfinder/
全靠我
进口我	derfinderPlot，重新计票，regionReport
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	derfinder_1.12.6.tar.gz
Windows二进制	derfinder_1.12.6.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	derfinder_1.12.6.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/derfinder
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/derfinder/
软件包下载报告	下载数据
bioc3.6的旧源包	源存档