easyRNASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.easyRNASeq

RNA-Seq数据的计数汇总和归一化

Bioconductor版本:Release (3.6)

根据参考基因组计算高通量短读的覆盖范围，并根据感兴趣的特征(例如外显子、基因、转录本)进行总结。数据可以被标准化为“RPKM”或“DESeq”或“edgeR”包。

作者:Nicolas Delhomme, Ismael Padioleau, Bastian schffthaler, Niklas Maehler

维护者:Nicolas Delhomme < nicholas . Delhomme at umu.se>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("easyRNASeq")

文档

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PDF	R脚本	easyRNASeq
超文本标记语言	R脚本	geneNetworkR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，遗传学，预处理，RNASeq，软件
版本	2.14.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (R-2.15)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	Biobase(> = 2.31.3),BiocGenerics(> = 0.17.2),BiocParallel(> = 1.5.1),biomaRt(> = 2.27.2),Biostrings(> = 2.39.3),DESeq(> = 1.23.0),刨边机(> = 3.13.4),GenomeInfoDb(> = 1.7.3),genomeIntervals(> = 1.27.0),GenomicAlignments(> = 1.7.3),GenomicRanges(> = 1.23.16),SummarizedExperiment(> = 1.1.11)、图形IRanges(> = 2.5.27),迷幻药(> = 3.0),locfit、方法、并行Rsamtools(> = 1.23.1),S4Vectors(> = 0.9.38),ShortRead(> = 1.29.1),跑龙套
链接
建议	BiocStyle(> = 1.9.2),BSgenome(> = 1.39.0),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.4.0),旋度，GenomicFeatures(> = 1.23.15),knitr，rmarkdown，RnaSeqTutorial(> = 0.9.0),RUnit(> = 0.4.31)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	RnaSeqTutorial
进口我	msgbsR
建议我	SeqGSEA
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	easyRNASeq_2.14.0.tar.gz
Windows二进制	easyRNASeq_2.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	easyRNASeq_2.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/easyRNASeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/easyRNASeq/
包下载报告	下载数据