刨边机

DOI:10.18129 / B9.bioc.edgeR

R .数字基因表达数据的实证分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

生物复制RNA-seq表达谱的差异表达分析。实现了一系列基于负二项分布的统计方法，包括经验贝叶斯估计、精确检验、广义线性模型和准似然检验。除了RNA-seq，它还可以应用于其他类型的基因组数据的差分信号分析，包括ChIP-seq, Bisulfite-seq, SAGE和CAGE。

作者:陈云顺， Aaron Lun ， Davis McCarthy ，周小北<小北。周在uzh。ch>， Mark Robinson < Mark。罗宾逊在imls.uzh。ch>，戈登·史密斯<史密斯at wehi.edu.au>

维护者:陈云顺， Aaron Lun ， Mark Robinson < Mark。罗宾逊在imls.uzh。ch>， Davis McCarthy ， Gordon Smyth < Smyth at wehi.edu.au>

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细节

biocViews	AlternativeSplicing，BatchEffect，贝叶斯，ChIPSeq，聚类，报道，DNAMethylation，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，DifferentialSplicing，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，MultipleComparison，归一化，通路，质量控制，RNASeq，回归，圣人，测序，软件，TimeCourse，转录
版本	3.20.9
在Bioconductor	BioC 2.3 (R-2.8)(9.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 2.15.0)，limma(> = 3.34.5)
进口	图形，统计，utils，方法，locfit，Rcpp
链接	Rcpp
建议	AnnotationDbi，org.Hs.eg.db,样条函数
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	http://bioinf.wehi.edu.au/edgeR
全靠我	ASpli，DBChIP，埃达，感兴趣，外套，methylMnM，MLSeq，RnaSeqGeneEdgeRQL，RnaSeqSampleSizeData，RUVSeq，samExploreR，移行细胞癌，tRanslatome
进口我	affycoretools，ampliQueso，anota2seq，ArrayExpressHTS，baySeq，compcodeR，coseq，csaw，debrowser，反编排，DEGreport，DEsubs，DiffBind，diffHic，diffloop，DRIMSeq，easyRNASeq，EBSEA，埃达，eegc，EGSEA，EnrichmentBrowser，erccdashboard，Glimma，HTSFilter，IsoformSwitchAnalyzeR，MEDIPS，metaseqR，MIGSA，msgbsR，msmsTests，PathoStat，适当的，psichomics，PureCN，regsplice，Repitools，ReportingTools，rnaSeqMap，RnaSeqSampleSize，嘘，scde，司康饼，食物，飞溅，STATegRa，SVAPLSseq，systemPipeR，TCGAbiolinks，TCseq，ToPASeq，tweeDEseq，纱，zinbwave
建议我	ABSSeq，biobroom，BitSeq，ClassifyR，clonotypeR，cqn，cydar，EDASeq，计，gCrisprTools，GenomicAlignments，GenomicRanges，goseq，groHMM，GSAR，GSVA，理想的，JctSeqData，leeBamViews，missMethyl，multiMiR，oneChannelGUI，regionReport，SSPA，经验丰富的人，subSeq，tximport，variancePartition，zFPKM
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	edgeR_3.20.9.tar.gz
Windows二进制	edgeR_3.20.9.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	edgeR_3.20.9.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/edgeR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/edgeR/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档