genefilter

DOI:10.18129 / B9.bioc.genefilter

基因过滤器:从高通量实验中过滤基因的方法

Bioconductor版本:Release (3.6)

过滤基因的一些基本功能

作者:R. Gentleman, V. Carey, W. Huber, F. Hahne

维护者:Bioconductor Package维护者< maintainer@bioconductor.org >

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite(" geneffilter ")

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browseVignettes(“genefilter”)

PDF	R脚本	独立过滤增加了检测差异表达基因的能力，Bourgon等人，PNAS (2010)
PDF	R脚本	独立过滤诊断
PDF	R脚本	如何找到表达谱与指定基因相似的基因
PDF	R脚本	使用基因过滤器功能从微阵列数据集过滤基因
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列，软件
版本	1.60.0
在Bioconductor中	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 13年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	S4Vectors(> = 0.9.42),AnnotationDbi，注释，Biobase、图形、方法、统计、生存
链接
建议	类，hgu95av2.db，tkWidgets，所有，中华民国，DESeq，pasilla，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我	a4Base，ampliQueso，cellHTS2，魅力，CNTools，GeneMeta，Hiiragi2013，simpleaffy，SISPA，股东价值分析
进口我	affyQCReport，annmap，arrayQualityMetrics，类别，cbaf，covRNA，DESeq，DESeq2，DEXSeq，eisa，gCMAP，GGBase，GISPA，GSRI，IHWpaper，JunctionSeq，methyAnalysis，methylumi，minfi，MLInterfaces，mogsa，pcaExplorer，PECA，phenoTest，林格，RNAinteractMAPK，simpleaffy，TCGAbiolinks，tilingArray，XDE，zinbwave
建议我	AffyExpress，注释，ArrayTools，BiocCaseStudies，生命网络，categoryCompare，clusterStab，codelink，compcodeR，curatedBladderData，curatedCRCData，curatedOvarianData，DelayedArray，EnrichedHeatmap，factDesign，ffpe，ffpeExampleData，gageData，GenoGAM，GenomicFiles，GOstats，GSAR，GSEAlm，GSVA，logicFS，光民，MAQCsubset，MCRestimate，npGSEA，益生元，oneChannelGUI，phyloseq，pvac，qpgraph，RforProteomics，rheumaticConditionWOLLBOLD，rtracklayer，siggenes，Single.mTEC.Transcriptomes，SSPA，topGO
构建报告

包档案

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源包	genefilter_1.60.0.tar.gz
Windows二进制	genefilter_1.60.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	genefilter_1.60.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genefilter
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/genefilter/
软件包下载报告	下载数据