genoset

DOI:10.18129 / B9.bioc.genoset

RangedSummarizedExperiment拷贝数的分析方法

Bioconductor版本:版本(3.6)

GenoSet RangedSummarizedExperiment类的扩展提供了额外的API的功能。这个类提供了方便和快速处理分段基因组数据的方法。此外,GenoSet提供类RleDataFrame它存储的数据在多个样本的基因组,并提供非常快的摘要任意行集(的基因组区域)。

作者:彼得·m·哈

维修工:彼得·m·哈< phaverty gene.com >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“genoset”)

文档

HTML	R脚本	genoset
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,DataRepresentation,基础设施,微阵列,单核苷酸多态性,软件
版本	1.34.0
Bioconductor自	BioC 2.8 (r - 2.13)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.10),BiocGenerics(> = 0.11.3),GenomicRanges(> = 1.17.19),SummarizedExperiment(> = 1.1.6)
进口	S4Vectors(> = 0.13.13),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),IRanges(> = 2.5.12)、方法、图形
链接
建议	RUnit,knitr,BiocStyle,rmarkdown,DNAcopy统计数据,BSgenome,Biostrings
SystemRequirements
增强了	平行
URL	https://github.com/phaverty/genoset
取决于我
进口我	methyAnalysis,VegaMC
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	genoset_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	genoset_1.34.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	genoset_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genoset
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/genoset/
包下载报告	下载数据