limma

DOI:10.18129 / B9.bioc.limma

微阵列数据线性模型

Bioconductor版本:Release (3.6)

微阵列数据的数据分析、线性模型和微分表达式。

作者:Gordon Smyth [cre,aut]，胡一芳[ctb]， Matthew Ritchie [ctb]， Jeremy Silver [ctb]， James Wettenhall [ctb]， Davis McCarthy [ctb]， Di Wu [ctb]， Shi Wei [ctb]， Belinda Phipson [ctb]， Aaron Lun [ctb]， Natalie Thorne [ctb]， Alicia Oshlack [ctb]， Carolyn de Graaf [ctb]，陈云顺[ctb]， Mette Langaas [ctb]， Egil Ferkingstad [ctb]， Marcus Davy [ctb]， Francois Pepin [ctb]， Choi Dongseok [ctb]

维护者:Gordon Smyth < Smyth at wehi.edu.au>

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("limma")

文档

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browseVignettes(“limma”)

PDF		Limma One Page Introduction
PDF		usersguide.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，BatchEffect，贝叶斯，聚类，DataImport，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，ExonArray，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，微阵列，MultipleComparison，归一化，OneChannel，预处理，ProprietaryPlatforms，质量控制，RNASeq，回归，软件，TimeCourse，转录，TwoChannel，mRNAMicroarray，microRNAArray
版本	3.34.9
在Bioconductor公司	BioC 1.6 (R-2.1)或更早的版本(> 13年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 2.3.0)
进口	grDevices，图形，统计，工具，方法
链接
建议	affy，AnnotationDbi，BiasedUrn，Biobase，椭圆，GO.db，gplots，illuminaio，locfit，质量，org.Hs.eg.db样条函数,statmod(> = 1.2.2),vsn
SystemRequirements
增强了
URL	http://bioinf.wehi.edu.au/limma
全靠我	a4Base，AffyExpress，AgiMicroRna，birta，BLMA，CALIB，亚兰，cghMCR，ChimpHumanBrainData，clippda，codelink，转换，Cormotif，coRNAi，DrugVsDisease，刨边机，ExiMiR，ExpressionAtlas，有限元法，Fletcher2013a，gCMAP，genefu，HD2013SGI，HTqPCR，maigesPack，maPredictDSC，marray，metagenomeSeq，metaseqR，MLSeq，MmPalateMiRNA，mpra，PGPC，prot2D，qpcrNorm，qusage，遏制，林格，RnBeads，Rnits，snapCGH，splineTimeR，SRGnet，SSPA，tRanslatome，TurboNorm，西瓜
进口我	ABSSeq，affycoretools，affylmGUI，anamiR，anota2seq，ArrayExpress，arrayQuality，arrayQualityMetrics，ArrayTools，ATACseqQC，吸引，舞会礼服，BatchQC，beadarray，BeadArrayUseCases，biotmle，birte，bsseq，BubbleTree，bumphunter，CALIB，CancerMutationAnalysis，CancerSubtypes，卡斯珀，冠军，魅力，ChIPComp，ChIPpeakAnno，clusterExperiment，coexnet，compcodeR，承认，consensusOV，CountClust，crlmm，crossmeta，csaw，ctsGE，DaMiRseq，DAPAR，debrowser，部，derfinderPlot，DEsubs，DiffBind，diffHic，diffloop，DmelSGI，DMRcate，Doscheda，DRIMSeq，EBSEA，eegc，天哪，EGSEA，EnrichmentBrowser，erccdashboard，EventPointer，explorase，flowBin，gCrisprTools，GeneSelectMMD，GeneSelector，GEOquery，GGBase，GOsummaries，gQTLstats，GUIDEseq，HTqPCR，iCheck，iChip，iCOBRA，理想的，InPAS，limmaGUI，Linnorm，lmdme，LVSmiRNA，mAPKL，餐，methylKit，MethylMix，methyvim，MIGSA，minfi，miRLAB，missMethyl，MmPalateMiRNA，单片眼镜，MoonlightR，MSstats，MultiDataSet，NADfinder，nem，nethet，nondetects，OGSA，奥林，omicRexposome，PAA，PADOG，PathoStat，pbcmc，pcaExplorer，PECA，pepStat，phenoTest，聚酯，psichomics，PureCN，qsea，rCGH，regsplice，ReportingTools，林格，RNAinteract，RNAither，RTCGAToolbox，研制，RTopper，嘘，司康饼，食物，sigaR，SimBindProfiles，snapCGH，STATegRa，股东价值分析，SVAPLSseq，systemPipeR，TCGAbiolinks，timecourse，ToPASeq，泛太平洋伙伴关系，transcriptogramer，TVTB，tweeDEseq，variancePartition，vsn，山药，纱
建议我	ABarray，ADaCGH2，beadarraySNP，biobroom，BiocCaseStudies，生命网络，类别，categoryCompare，ClassifyR，CMA，coGPS，cydar，derfinder，dyebias，肘，计，GeneSelector，GeuvadisTranscriptExpr，Glimma，GSRI，GSVA，哈曼，Heatplus，等压线，莱斯，光民，mammaPrintData，桅杆，mdgsa，methylumi，中长期规划，npGSEA，益生元，oneChannelGUI，oppar，paxtoolsr，PGSEA，钢琴，plw，PREDA，彪马，Rcade，RTopper，rtracklayer，seventyGeneData，经验丰富的人，subSeq，TReNA，trena，tximport，zFPKM
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	limma_3.34.9.tar.gz
Windows二进制	limma_3.34.9.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	limma_3.34.9.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/limma
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/limma/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档