光民

DOI:10.18129 / B9.bioc.lumi

Illumina甲基化和表达微阵列的BeadArray特异性方法

Bioconductor版本:Release (3.6)

lumi封装为Illumina微阵列数据分析提供了集成解决方案。它包括Illumina BeadStudio (GenomeStudio)数据输入、质量控制、beadarray特异性方差稳定、归一化和探针水平的基因注释功能。它还包括处理Illumina甲基化微阵列的功能，特别是Illumina Infinium甲基化微阵列。

作者:杜潘，Richard Bourgon，冯刚，Simon Lin

维护者:潘都<潘都。邮件地址:gmail.com>，黄磊@ bsd.uchicago.edu>，冯刚@ northwestern.edu>

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文档

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细节

biocViews	DNAMethylation，微阵列，OneChannel，预处理，质量控制，软件，TwoChannel
版本	2.30.0
在Bioconductor中	BioC 2.0 (R-2.5)(11岁)
许可证	LGPL (>= 2)
取决于	R (>= 2.10)，Biobase(> = 2.5.5)
进口	affy(> = 1.23.4),methylumi2.3.2 (> =)GenomicFeatures，GenomicRanges，注释，晶格，mgcv(1.4 > = 0),nleqslv，KernSmooth，preprocessCore，RSQLite，DBI，AnnotationDbi，质量，图形，统计，统计，方法
链接
建议	beadarray，limma，vsn，lumiBarnes，lumiHumanAll.db，lumiHumanIDMapping，genefilter，RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我	arrayMvout，ffpeExampleData，iCheck，lumiBarnes，lumiHumanIDMapping，lumiMouseIDMapping，lumiRatIDMapping，MAQCsubset，MAQCsubsetILM，mvoutData，西瓜
进口我	anamiR，ffpe，methyAnalysis，MineICA
建议我	beadarray，blima，哈曼，methylumi，tigre
构建报告

包档案

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源包	lumi_2.30.0.tar.gz
Windows二进制	lumi_2.30.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	lumi_2.30.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lumi
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/lumi/
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