metagenomeSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagenomeSeq

稀疏高通量测序的统计分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

metagenomeSeq被设计用来确定在多个样本的两个或多个组之间差异丰富的特征(可以是操作分类单元(OTU)、物种等)。metagenomeSeq设计用于处理微生物群落的归一化和过采样对疾病关联检测和特征相关性测试的影响。

作者:Joseph Nathaniel Paulson, Nathan D. Olson, Justin Wagner, Hisham Talukder, Mihai Pop, Hector Corrada Bravo

维护者:Joseph N. Paulson

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("metagenomeSeq")

文档

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browseVignettes(“metagenomeSeq”)

PDF	R脚本	fitTimeSeries:通过时间或地点的差异丰度分析
PDF	R脚本	metagenomeSeq:稀疏高通量测序的统计分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，聚类，DifferentialExpression，GeneticVariability，宏基因组，微生物组，MultipleComparison，归一化，测序，软件，可视化
版本	1.20.1
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.0),Biobase，limma，glmnet、方法、RColorBrewer
进口	平行,matrixStats，foreach，矩阵，gplots
链接
建议	注释，BiocGenerics，biomformat，knitr，gss，testthat(> = 0.8),素食主义者，interactiveDisplay
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/nosson/metagenomeSeq/
BugReports	https://github.com/nosson/metagenomeSeq/issues
取决于我	etec16s，metavizr，msd16s
进口我	metagenomeFeatures
建议我	curatedMetagenomicData，interactiveDisplay，phyloseq
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	metagenomeSeq_1.20.1.tar.gz
Windows二进制	metagenomeSeq_1.20.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	metagenomeSeq_1.20.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagenomeSeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/metagenomeSeq/
包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档