methylKit

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylKit

高通量亚硫酸氢盐测序结果的DNA甲基化分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

methylKit是一个R包，用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释。该软件包旨在处理来自RRBS及其变体的测序数据，以及目标捕获方法和全基因组亚硫酸氢盐测序。它还具有分析来自oxBS-Seq和TAB-Seq等实验协议的碱基对分辨率5hmC数据的功能。Perl只需要读取SAM文件。

作者:Altuna Akalin [aut, cre]， Matthias Kormaksson [aut]， Sheng Li [aut]， Arsene Wabo [ctb]， Adrian Bierling [aut]， Alexander Gosdschan [aut]

维护者:Altuna Akalin ， Alexander Gosdschan

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“methylKit”)

文档

超文本标记语言	R脚本	methylKit:用户指南vs packageVersion('methylKit') '
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，MethylSeq，测序，软件
版本	1.4.1
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3.0)，GenomicRanges(>= 1.18.1)，方法
进口	IRanges，data.table(>= 1.9.6)，平行，S4Vectors(> = 0.13.13),GenomeInfoDb，KernSmooth，qvalue，emdbook，Rsamtools，gtools，fastseg，rtracklayer，mclust，Rcpp，R.utils，limma， grDevices，图形，统计，utils
链接	Rcpp，Rhtslib，zlibbioc
建议	testthat，knitr，rmarkdown，genomation
SystemRequirements
增强了
URL	http://code.google.com/p/methylkit/
全靠我
进口我	methInheritSim，methylInheritance
建议我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	methylKit_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	methylKit_1.4.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	methylKit_1.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylKit
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/methylKit/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档