methylumi

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylumi

处理Illumina甲基化数据

Bioconductor版本:Release (3.6)

这个包提供了保存和操作Illumina甲基化数据的类。基于eSet，它可以包含MIAME信息、样本信息、特征信息以及多个数据矩阵。作为一个“智能”导入函数，methylumiR可以读取Illumina文本文件并创建MethyLumiSet。methylumIDAT可以直接从HumanMethylation27和HumanMethylation450微阵列读取原始IDAT文件。还包括GoldenGate, Infinium和Infinium HD阵列的归一化，背景校正和质量控制功能。

作者:Sean Davis, Pan Du, Sven Bilke, Tim Triche, Jr, Moiz Bootwalla

维护者:Sean Davis

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“methylumi”)

文档

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browseVignettes(“methylumi”)

PDF	R脚本	methylumi包的介绍
PDF	R脚本	使用methylumi与Illumina 450k阵列合作
PDF		参考手册
文本		自述

细节

biocViews	CpGIsland，DNAMethylation，预处理，质量控制，软件，TwoChannel
版本	2.24.1
在Bioconductor	BioC 2.5 (R-2.10)(8.5年)
许可证	GPL-2
取决于	Biobase，方法，R (>= 2.13)，尺度，reshape2，ggplot2，matrixStats，FDb.InfiniumMethylation.hg19(> = 2.2.0),minfi
进口	BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，SummarizedExperiment，Biobase、图形、晶格，注释，genefilter，AnnotationDbi，minfistats4,illuminaio
链接
建议	光民，晶格，limma，xtable，SQN，质量，matrixStats平行,rtracklayer，Biostrings，methyAnalysis，TCGAMethylation450k，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，FDb.InfiniumMethylation.hg18(> = 2.2.0),Homo.sapiens，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/seandavi/methylumi/issues/new
全靠我	bigmelon，RnBeads，skewr，西瓜
进口我	ffpe，光民，methyAnalysis，missMethyl
建议我	MultiDataSet
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	methylumi_2.24.1.tar.gz
Windows二进制	methylumi_2.24.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	methylumi_2.24.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylumi
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/methylumi/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档