minfi

DOI:10.18129 / B9.bioc.minfi

分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列

Bioconductor版本:Release (3.6)

分析和可视化Illumina Infinium甲基化阵列的工具。

作者:卡斯珀·丹尼尔·汉森[cre, aut]，马丁·阿耶[aut]，拉斐尔·a·伊里扎里[aut]，安德鲁·e·贾菲[ctb]，约瓦娜·马克西莫维奇[ctb]，安德烈斯·豪斯曼[ctb]，让-菲利普·福廷[ctb]，蒂姆·特里谢[ctb]，山·v·安德鲁斯[ctb]

维护者:Kasper Daniel Hansen

引文(从R内，输入引用(“minfi”)）：

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("minfi")

文档

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PDF	R脚本	minfi用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DataImport，DifferentialMethylation，表观遗传学，MethylationArray，微阵列，多通道，归一化，预处理，质量控制，软件，TwoChannel
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,BiocGenerics(> = 0.15.3),GenomicRanges，SummarizedExperiment(> = 1.1.6),Biostrings，bumphunter(> = 1.1.9)
进口	S4Vectors，GenomeInfoDb，Biobase(> = 2.33.2),IRanges，beanplot，RColorBrewer，晶格，nor1mix，siggenes，limma，preprocessCore，illuminaio，matrixStats(> = 0.50.0),mclust，genefilter，nlme，重塑，质量，quadprog，data.table，GEOquery，统计，grDevices，图形，utils
链接
建议	IlluminaHumanMethylation450kmanifest(> = 0.2.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19(> = 0.2.1),minfiData(> = 0.18.0),minfiDataEPIC，FlowSorted.Blood.450k(> = 1.0.1),RUnit，消化，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kasperdanielhansen/minfi
BugReports	https://github.com/kasperdanielhansen/minfi/issues
全靠我	bigmelon，冠军，conumee，DMRcate，ENmix，FlowSorted.Blood.450k，FlowSorted.CordBlood.450k，FlowSorted.CordBloodNorway.450k，FlowSorted.DLPFC.450k，IlluminaHumanMethylation27kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylation27kmanifest，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b3.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICmanifest，methylumi，methyvimData，minfiData，minfiDataEPIC，REMP，shinyMethyl
进口我	funtooNorm，餐，MethylAid，methylumi，methyvim，missMethyl，quantro，skewr
建议我	brgedata，哈曼，MultiDataSet，RnBeads
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测在R会话中使用此包的说明。

源包	minfi_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	minfi_1.24.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	minfi_1.24.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/minfi
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/minfi/
软件包下载报告	下载数据