missMethyl

DOI:10.18129 / B9.bioc.missMethyl

分析Illumina人类甲基化串珠芯片数据

Bioconductor版本:Release (3.6)

Illumina公司Infinium HumanMethylation450阵列数据的差异可变性和差异甲基化的归一化和测试。归一化过程是数组内子集分位数归一化(SWAN)，它允许在单个数组上同时归一化Infinium I和II型探针。差异可变性的检验是基于Levene检验的经验贝叶斯版本。差异甲基化检测使用RUV进行，它可以通过使用负控制探针对高维数据中来源未知的系统误差进行调整。基因本体分析通过考虑阵列上每个基因的探针数量来进行。

作者:Belinda Phipson和Jovana Maksimovic

维护者:Belinda Phipson < Belinda。phpson在mcri.edu.au>， Jovana Maksimovic < Jovana。在mcri.edu.au maksimovic >

安装

要安装这个包，开始R，然后输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("missMethyl")

文档

超文本标记语言	R脚本	missMethyl:分析Illumina人类甲基化珠片数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialMethylation，GeneSetEnrichment，GeneticVariability，GenomicVariation，MethylationArray，归一化，软件
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(3.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = tripwire)
进口	limma，minfi，methylumi，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，statmod，ruv，stringr，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，org.Hs.eg.db，AnnotationDbi，BiasedUrn，GO.db，IlluminaHumanMethylationEPICmanifest，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19
链接
建议	minfiData，BiocStyle，knitr，rmarkdown，刨边机，tweeDEseqCountData
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	冠军，DMRcate，餐
建议我	RnBeads
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	missMethyl_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	missMethyl_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	missMethyl_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/missMethyl
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/missMethyl/
包下载报告	下载数据